故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的玩伴，同时也是亚伦的妹妹萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。
2年之后，天马终于成为天马星座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉引导的亚伦，体内的冥王哈军事观察室最新一期迪斯的灵魂觉醒，并向圣域发动全面进攻……